Nata in Veneto o in Lombardia (Vicenza o Cremona secondo varie fonti), Margherita Caffi è nota soprattutto per le sue composizioni di frutta e fiori.
Tra i suoi committenti si segnalano gli arciduchi del Tirolo (molti suoi dipinti sono infatti ancora oggi in Austria), i re di Spagna e i granduchi di Toscana; in particolare la sua arte fu molto apprezzata da Vittoria Della Rovere. Gli ultimi anni della sua esistenza li trascorse a Milano, dove diede vita ad una fiorente scuola locale di pittori di nature morte.
Sicuramente ispirata ad analoghi dipinti nordici, la Caffi mostra, nell'estrema libertà della stesura pittorica, influssi della pennellata libera e briosa del veneziano Francesco Guardi.